Para acessar os diretórios do site através do FTP poderá acessar utilizando aplicativos como Filezilla, WinSCP, etc. No exemplo estou utilizando o Filezilla.
Abra o Gerenciador de sites e clique em adicionar novo site
Preencha os seguintes dados:
Host: ip ou domínio
Porta: 21 (se for ftp) / 22 (se for sftp)
Usuário: colocar o usuário criado no ISPConfig
Senha: colocar a senha gerada no ISPConfig
Teste a conexão, clicando em conectar. Se estiver fora da Unifesp, teste com a VPN ligada.
Todo o conteúdo do site está na pasta \Web